Los Hilos a menudo necesitan comunicarse entre sí. Subprocesos dentro de un mismo proceso sólo pueden comunicarse a través de la memoria compartida, pero hilos situados en diferentes procesos necesitan un mecanismo diferente. El mecanismo básico de la comunicación en Amoeba es la llamada a un procedimiento remoto (RPC). La comunicación consiste en un subproceso de cliente enviando un mensaje a una hebra del servidor, entonces se bloquea hasta que el hilo del servidor devuelve un retorno mensaje, momento en el cual el cliente se desbloquea.
Amoeba tiene un lenguaje especial llamado Amoeba Interface Language (AIL) para la generación automática de estos procedimientos. Ellos calculan las referencias de parámetros y ocultan los detalles de la comunicación de los usuarios.